石家河文化遗存从相当于大溪文化阶段开始，经屈家岭文化至石家河文化，有一个基本连续演进的过程，其演进轨迹分为三期

第一期属屈家岭文化，大约距今5000-4600年。这一时期，原始稻作农业开始大发展，普遍使用磨制的石器作生产工具，纺轮数量大为增加且质量变得小巧，制陶开始普遍推广快轮技术。在一些古城聚落中，已出现了某种城乡分化的迹象。

石家河遗址第二期属石家河文化早期，大约距今4600-4300年。这一时期，石家河居民在积蓄屈家岭文化能量的基础上，积极大胆地进行变革创新。生产工具改进很大，生产水平明显提高，私有制有了较大发展，原始宗教有了进一步规范，城乡分化更为剧烈，其文化特征明显不同于屈家岭文化时期。该时期是石家河文化最为繁荣兴旺的时期。

第三期属石家河文化晚期，大约距今4300年-4000年。这一时期，北方气候趋于干冷，华夏集团谋求连锁式向南迁移。在此大背景下，中原的原始文化大举南下，强烈影响长江中游的土著文化，石家河文化融入了大量的龙山文化因素，石家河文化逐步走向衰微